有房产证没土地证，这是登记人员最头疼的情况了。

这种情况是由于不动产统一登记之前房产和土地由两个不同部门分开登记造成的。房产部门登记的时候没有看是否合法取得土地，导致很多违法用地上的房屋也办了房产证。

只要有房产证，房管局的登记系统应该都有记载，目前已经统一由国土部门行使登记土地房屋等不动产的职责，所以在办房产转让的时候国土局还要看是否有土地证。

如果土地使用权经过审批合法取得，当然皆大欢喜，这种情况下只要房产证已经过户，按照物权法的规定土地跟着转移，可以直接办理土地和房屋一体的不动产权证。

但一般情况下土地存在瑕疵，比如土地出让金未交，划拨用地，改变用途，增加容积率等，甚至是土地未经审批。这算历史遗留问题，各地一般为了社会稳定和政府公信力，都由当地政府出台文件，通过补办用地手续，将办证与补交出让金脱钩等方式，尽量妥善处理。