慢性咽炎病因比较复杂，常见的有几种：一是急性咽喉炎反复发作导致。二是各种鼻炎、呼吸道慢性炎症，长期张口呼吸及炎性分泌物反复刺激咽部，或受慢性扁桃体炎、牙周炎的影响。三是烟酒过度、粉尘、辛辣食物、有害气体或过敏原的刺激等，都可以引起本病，尤其一些职业，如教师、歌唱者对声带过度使用，化工厂环境下工作人员。四是各种其他疾病如贫血、消化不良等都可能导致。

如鼻腔、鼻窦、鼻咽部的慢性炎症，可因炎性分泌物经后鼻孔倒流至咽部刺激咽部黏膜；慢性鼻炎、鼻中隔偏曲、慢性鼻窦炎、腺样体肥大、鼾症或鼻腔鼻窦及鼻咽部占位性病变等疾病由于影响鼻腔通气，造成长期张口呼吸，引起咽部黏膜长期过度干燥而导致慢性咽炎；慢性扁桃体炎的慢性炎症可直接蔓延至咽后壁，引起慢性咽炎；口腔炎症如果不能得到及时控制，随着炎症扩散也可导致慢性咽炎。温度、湿度的变化、空气质量差、烟酒刺激、辛辣刺激性食物、粉尘、有害气体及放射性照射也是导致慢性咽炎的原因。如贫血，消化不良，胃食管反流，心脏病（因血液循环障碍影响咽部静脉回流造成咽部局部淤血），慢性支气管炎，支气管哮喘，风湿病，肝、肾疾病等，也可引发慢性咽炎。内分泌紊乱，自主神经失调，臭鼻杆菌及类白喉杆菌的感染，维生素缺乏及免疫功能紊乱等均与萎缩性及干燥性咽炎相关。