研究所拥有先进的科研、教学、医疗设施和仪器设备，总值超过5000万元，拥有独立的基础实验室，面积达3000平方米，主要研究方向为突发性呼吸系统传染病、哮喘与慢性咳嗽、慢性阻塞性肺疾病（COPD）、肺癌四个领域。在长期的研究中，逐步形成了哮喘、COPD、重症监护、肺炎、慢性咳嗽、微创胸外科手术、肺移植手术等临床诊疗特色，处于国内先进水平。
在2003年抗击SARS战斗中，全所在钟南山院士的带领下，较早确立了广东SARS的病原，总结了三早三合理的防治措施，牵头制定了相关指南；率先提出将危重SARS患者集中到有良好救治条件的地方战略，并主动承担救治广东省危重SARS病人的任务，取得高治愈率、低死亡率的成绩；率先倡导国际间科学协作，积极组织和推进全国大协作，发挥了重要的学术辐射作用，成为抗击SARS战场的中流砥柱。因工作突出，受到了党中央、国务院和社会各界的高度赞扬，被授予全国五一劳动奖状、全国先进基层党组织等荣誉称号。
2005年，研究所与中科院广州生物医药与健康研究院在流感/禽流感、肺癌、哮喘等项目合作的基础上，基于双方对临床与基础融合带来的学科交叉所产生优势互补，以及产学研一体化发展前景的共同认可，成立联合实验室，以期探索一条具有中国特色的基础医学与临床医学有机融合的临床学科重点实验室发展道路。
展望未来，呼研所将全力以赴，为建设成规模适度、竞争力强、成为国内呼吸病系的学术研究中心、临床诊疗中心、科技创新中心和人才培养中心的目标而努力奋斗！以国家队的胸怀和业绩更好地服务社会，为构建和谐社会为做出自己应有的贡献！